XYLab
  • Blog
  • People
  • Publications
  • Joining Us!
  • Contact

南科大环境学院夏雨课题组团建-较场尾海上游玩记

6/3/2021

0 Comments

 
为缓解大家近期科研压力,提升团队凝聚力,我们课题组组织了一次团建活动——较场尾海上游玩。
首先介绍一下较场尾,较场尾是在深圳大鹏新区,被誉为广东民宿第一村,也是深圳拥有海岸线的村落,里面的民宿布置的都很漂亮,风格迥异,民宿的院子很大,可以体验一次户外烧烤,民宿有里面唱K、打麻将等娱乐项目,适合我们年轻人;较场尾海上的游玩有摩托艇、游艇、飞鱼等娱乐项目,每个项目都给人带来不一样的体验,新鲜而又刺激。
Picture
登上珍珠岛,先来张合照

Read More
0 Comments

绘制反应器(实验装置)的方法

4/19/2020

1 Comment

 
                                                                                                                                         Published by Zhao Bixi
当实验装置较为复杂时,简单绘图难以准确表现实验装置细节及部分实验装置,这时我们可以借助软件对图片进行处理变换,绘制详尽的反应装置示意图。
​
​所需软件:PC端:Photoshop、Chemdraw 

                  iPad端:Autodesk Sketchbook(free)

​第一步:确定需要画的仪器:五口烧瓶,ph计,水浴锅,蠕动泵,气袋,烧杯等;

第二步:在chemdraw中找到部分仪器,根据需要拼凑出大致图形,主要使用的图形的打开路径为View→Templates→Clipware,part1/Clipware,part2;
​
Picture

Read More
1 Comment

Manually configure GPU for Guppy basecalling of ONT datasets

12/4/2019

0 Comments

 
Published by Cheng Zhanwen
      使用Nanopore技术进行三代测序时,原始的测序所得文件为fast5格式(测序的光电信号)。如果将其转换成常用的fastq文件,还需要经过basecalling步骤。常见basecalling软件包括Albacore,Flappie,Chiron,Guppy等。Albacore是最早通用的basecaller,通过CPU运算,目前由于Guppy性能更优已停止开发。Guppy是Albacore的继任者,通过GPU提高了运行速度,同时包含了最新的flip-flop算法,bascall质量相对于albacore 有明显提升(图1),因此Guppy也是目前ONT推荐的basecalling工具。Grid ION 和MinIT 已经内置了和Guppy 配合的GPU从而实现快速的basecalling, 但对于MinION 使用者,怎样在工作站中配置相应的GPU ,从而体验与GridIONl类似的快速basecall呢? 下文将做一个详细介绍。
Picture
图1: 同一个纯菌全基因组MinION测序数据使用不同basecaller 的basecall结果比较

Read More
0 Comments

把PDF数据提取到excel中的方法

10/30/2019

0 Comments

 
                                                                                                                                         Published by Zhao Bixi

​使用一些仪器测样时,比如GC-FID测VFA的检测结果往往以PDF
格式输出,当我们对数据进行分析时,就需要将数据提取到excel中,以下是操作步骤:

​第一步:复制文本
Picture

Read More
0 Comments

R 里plyr 包函数 arrange 报错

7/28/2019

0 Comments

 
plyr 中 arrange函数可以对数据框中的列进行排序,如果需要反向排序可以在该列列名前加desc参数,如下所示:


cmp<-arrange(cmp,type,desc(sum))


最近在使用过程中发现该命令报错,如下:


Error in (function (classes, fdef, mtable)  :
  unable to find an inherited method for function ‘desc’ for signature ‘"numeric"’



通过检查发现,可能是版本的升级,反向排序已经不能使用desc,可以将其改为“-”进行反向排序,如下:


cmp<-arrange(cmp,type,-sum)


成功运行!
​
0 Comments

CheckM not incompatible with python3.6 error

7/28/2019

0 Comments

 
Picture
That is caused by the pip3 and python3 is above python3.6 which CheckM is NOT compatible with. This post is on how to solve this incompatability problem.

Read More
0 Comments

【精彩回顾】纳米孔测序技术微生物生态学应用研讨会

4/26/2019

0 Comments

 
Picture
​2019年4月25日,南方科技大学环境科学与工程学院夏雨课题组举办的纳米测序孔技术微生物生态学应用研讨会圆满结束。来自全国各地的学者参加此了次研讨会,会议期间嘉宾们对会议主题纳米孔测序技术的微生物生态学应用进行积极踊跃的交流和讨论,每个人对纳米孔技术都有着属于自己的见解,给会议主题带来了不同的色彩。
 
​南方科技大学抗性基因与抗生素环境污染防控研究中心主任张彤教授,给出了精彩的开幕致辞。即便在初期开展纳米孔测序困难重重的情况下,张彤老师始终认为纳米孔测序是一项前景可观的测序技术。

Read More
0 Comments

NSME 纳米孔测序技术微生物生态学应用研讨会

4/10/2019

0 Comments

 
Picture
Picture

Read More
0 Comments

nVenn : 一个成比例的nVenn 图

1/25/2019

0 Comments

 
Picture

Read More
0 Comments

仪器箱- Portable-nanopore 测序平台

12/9/2018

0 Comments

 
制作一个便携式仪器箱——用于存放野外实验设备。
Picture
仪器箱成品图

Read More
0 Comments
<<Previous

    RSS Feed

    Categories

    All
    Microbiology
    Mothur
    Other
    Protocol
    Taiwan
    Travel
    Us